根据《住房公积金管理条例》、《建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（建金管[2005]5号）等规定精神，单位和个人 分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。
单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计算缴纳个人所得税。
根据上述规定，个人按照规定标准缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费、住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和个人超过规定比例和标准缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费、住房公积金，超过部分应并入个人当期的工资、薪金收入，缴纳个人所得税。
新个税计算方式
应税所得额=应发工资-养老金-基本医疗保险-门诊统筹金-失业金-公积金-综合补贴
应纳税所得额-3500<0，那么0；
0<应纳税所得额-3500 <=1500, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.03；
1500<应纳税所得额-3500 <=4500, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.1-105；
4500<应纳税所得额-3500 <=9000, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.2-555；
9000<应纳税所得额-3500 <=35000, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.25-1005；
35000<应纳税所得额-3500 <=55000, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.3-2755；
55000<应纳税所得额-3500 <=80000, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.35-5505；
80000<应纳税所得额-3500, 那么 （应纳税所得额-3500）*0.45-13505
注：外籍员工个税起征点为4800元。